Sự phá hủy hoặc làm suy giảm cảnh quan, môi trường như: mất rừng, thoái hóa đất và nước; phá vỡ cảnh quan tự nhiên/ bản địa/ truyền thống; tăng quy mô sản suất nông nghiệp hàng hóa thiếu quy hoạch;… đã làm giảm các cơ hội cho phát triển các nguồn sinh kế ổn định lâu dài của người dân nông thôn; làm mất cân bằng sinh thái, suy giảm đa dạng sinh học dẫn tới sự gia tăng các rủi ro về thiên tai, dịch bệnh và thị trường; đồng thời làm gia tăng các loại bệnh lan y, làm suy giảm sức khỏe cộng đồng và các thế hệ tương lai. Cái giá phải trả khi bỏ qua việc duy trì và đảm bảo cảnh quan, môi trường tốt là rất lớn, không chỉ trong ngắn hạn với các thế hệ hiện tại mà còn kéo dài nhiều năm sau và ảnh hưởng nặng nề đến nhiều thế hệ tương lai. Tính riêng ô nhiễm không khí từ số liệu của 41 quốc gia (gồm 06 quốc gia có nền kinh tế mới nổi là Brazil, Nga, Ấn Độ, Indonesia, Trung Quốc và Nam Phi; và 35 quốc gia thành viên Tổ chức Hợp tác và Phát triển Kinh tế - OECD) trong giai đoạn 2000 – 2015 cho thấy, cái giá phải trả là 3,2 triệu người chết và tốn kém 5,1 nghìn tỷ USD4. Ngoài ra, một số kết quả nghiên cứu cũng cho thấy, giá trị sinh thái (phi thị trường) của các hệ sinh thái cảnh quan nông nghiệp đóng góp từ 48% đến 81% tổng giá trị kinh tế của hệ sinh thái đó.
Do vậy, cảnh quan và môi trường trong xây dựng NTM mới là vấn đề cốt lõi cần được quan tâm hơn nữa, vì nó là yếu tố điều khiển chất lượng thật sự của cuộc con người nói chung, người dân nông thôn nói riêng.
Nhìn chung, các quốc gia đã phát triển nông nghiệp, nông dân, nông thôn thành công đều chuyển dần từ các mục tiêu kinh tế, coi nhẹ môi trường sang bảo vệ môi trường, phát triển cảnh quan nông thôn. Đến nay, phát triển môi trường trở thành ngành kinh doanh có lợi, bảo vệ môi trường không những trở thành tiêu chuẩn sống chất lượng cao của người dân, mà còn là tiêu chuẩn trong thương mại quốc tế. Do đó, các chức năng của nông nghiệp, nông thôn về môi trường, văn hóa như cảnh quan xanh, nông nghiệp thư giãn, nông nghiệp bảo tồn, du lịch sinh thái, du lịch nông thôn, nông nghiệp, văn hóa bản địa được chú trọng và đẩy mạnh trở thành ngành kinh tế đem lại thu nhập cao cho người dân vùng nông thôn. Sự phát triển của cảnh quan và môi trường nông thôn là cơ sở để giữ lại và thu hút sự quay trở lại của làn sóng di cư đến các khu vực thành thị.
Với những vấn đề nêu trên về cảnh quan và môi trường nông thôn, công tác xây dựng NTM trong 10 năm qua tập trung quá nhiều vào việc phát triển cơ ở hạ tầng như điện, đường, trường, trạm mà còn coi nhẹ vấn đề cảnh quan, môi trường – yếu tố cốt lõi của chất lượng sự sống. Do vậy, xây dựng NTM trong giai đoạn tiếp theo phải lấy “cảnh quan, môi trường” làm nền tảng với thông điệp: “Bảo vệ cảnh quan, môi trường và tài nguyên tự nhiên để xây dựng NTM”.
Nghiên cứu cơ sở lý luận và thực tiễn nhằm hoàn thiện các chính sách và giải pháp quản lý tổng hợp môi trường nông thôn với sự tham gia tích cực của cộng đồng, trong đó đặc biệt lưu ý đến các chính sách về tài chính mang tính cộng đồng phù hợp nhằm gắn trách nhiệm người sản xuất (tạo ra áp lực đối với môi trường) và các đối tượng thụ hưởng các thành phần môi trường. Cần đặc biệt lưu ý các chính sách hỗ trợ tài chính khác biệt giữa khu vực đô thị và khu vực nông thôn, tạo sự chuyển biến mạnh mẽ về mức độ quan tâm đầu tư trong lĩnh vực bảo vệ môi trường nông thôn. Cần xác định khu vực nông thôn là khu vực cung cấp đầu vào an toàn và tiếp nhận chất thải đầu ra, cân bằng vật chất cho khu vực đô thị, vì vậy, cần có chính sách điều tiết phù hợp.
Vấn đề bảo vệ môi trường nông thôn trong quá trình phát triển kinh tế, xã hội theo hướng bền vững ngày càng được quan tâm và định hướng cho các nhà khoa học tập trung vào nghiên cứu cơ sở khoa học và thực tiễn cho việc đề xuất các giải pháp khoa học công nghệ phục vụ bảo vệ môi trường nông thôn. Cần xác định rõ vai trò của hệ sinh thái nông nghiệp và nông thôn trong giai đoạn trước mắt và lâu dài, không chỉ coi khu vực nông thôn là nơi sinh sống làm lao động của người nông dân để tạo ra lương thực thực phẩm cho xã hội, mà cần xác định đúng và đầy đủ vai trò của hệ sinh thái nông nghiệp, nông thôn, trong đó cần làm rõ chức năng cần bằng dinh dưỡng, cân bằng sinh thái, cung cấp đầu vào cho xã hội, tiếp nhận và chuyển hóa các chất dư thừa hoặc thải ra/tạo ra (bao gồm cả các dạng rắn, lỏng, khí) của khu vực đô thị, lại là nơi bảo tồn các giá trị truyền thống (gồm cả chính trị, văn hóa, kinh tế, môi trường)…để có những tính toán khoa học, hợp lý, nhằm định hình một chiến lược quản lý khu vực nông thôn mang tính tổng hợp, toàn diện. Kết quả nghiên cứu của các đề tài nhằm bảo vệ môi trường nông thôn chỉ thực sự có hiệu quả khi được áp dụng thành công trong thực tiễn với sự phối hợp chặt chẽ và hợp lý giữa các nhà quản lý, nhà khoa học và những nguời dân sinh sống tại khu vực nông thôn Việt Nam. Đây cũng là nguồn sức mạnh đưa nông thôn Việt Nam phát triển bền vững.