Theo báo cáo của hầu hết các địa phương, các dự án chăn nuôi đều thực hiện chưa nghiêm các quy định về lập, thẩm định và phê duyệt báo cáo ĐTM. Cụ thể là, tỷ lệ các trang trại được thẩm định, phê duyệt báo cáo ĐTM chỉ chiếm tỉ lệ nhỏ (tại Bình Dương là 81%, Hòa Bình 30%, Hà Nam 40%, và Hà Tĩnh 32%). Các cơ sở thuộc thẩm quyền quản lý cấp huyện, tỉ lệ cơ sở có đầy đủ hồ sơ về môi trường còn thấp hơn rất nhiều (tại Bình Dương là 45,8%). Bộ Tài nguyên và Môi trường thẩm định và phê duyệt có 05 dự án về chăn nuôi, 01 đề án bảo vệ môi trường chi tiết của cơ sở chăn nuôi.
Tại một số địa phương, các doanh nghiệp (với sự hỗ trợ của khoa học và kỹ thuật) đã chủ động tìm hiểu thị trường, thu gom và quay vòng tái sử dụng chất thải chăn nuôi, phụ phẩm nông nghiệp hiệu quả, như: mô hình tái sử dụng chất thải chăn nuôi để thu hồi mùn bã hữu cơ ở Thái Bình, Hưng Yên; mô hình nuôi lợn tiết kiệm nước và tái sử dụng chất thải sau chăn nuôi ở Nam Định; mô hình tận dụng phân gia súc sản xuất giun trùn quế (ở Gia Lâm, Hà Nội); mô hình xử lý phân gà của Công ty Trang Trại Việt (Đồng Nai); mô hình xử lý chất thải chăn nuôi lợn bằng đệm lót sinh học tại Công ty Trang Linh (Bà Rịa – Vũng Tàu),…Ngoài ra, còn có một số mô hình giảm phát thải từ chăn nuôi thông qua cải tiến quá trình sản xuất như: mô hình chăn nuôi áp dụng kỹ thuật cân đối khẩu phần ăn nhằm giảm phát thải khí nhà kính tại Thừa Thiên Huế và Hà Nội.
Công tác khắc khục ô nhiễm cải thiện môi trường tại 47 làng nghề ô nhiễm môi trường nghiêm trọng đã được quan tâm, đầu tư, tuy nhiên, chưa thật quyết liệt và triệt để:
Trong số 47 làng nghề ô nhiễm môi trường đặc biệt nghiêm trọng cần xử lý trong giai đoạn 2012 - 2015 (đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường xác định và công bố) nằm trong Chương trình mục tiêu quốc gia khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường giai đoạn 2012-2015 (Quyết định số 1206/QĐ-TTg ngày 02/09/2012 của Thủ tướng Chính phủ) và chuyển giao sang tích hợp vào Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới giai đoạn 2016 - 2020 (Quyết định số 1600/QĐ-TTg ngày 16/8/2016 của Thủ tướng Chính phủ) (nội dung thứ 3 của hợp phần “vệ sinh môi trường nông thôn, khắc phục, xử lý ô nhiễm và cải thiện môi trường tại các làng nghề”).
Tính đến thời điểm hết năm 2015, ngân sách Trung ương đã hỗ trợ triển khai 11/47 dự án làng nghề tại 09 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương với tổng kinh phí là 245 tỷ đồng bao gồm: Bắc Giang (01 dự án), Bắc Ninh (01 dự án), Hà Nam (01 dự án), Thái Bình (01 dự án), Ninh Bình (01 dự án), Thừa Thiên Huế (02 dự án), Hải Phòng (02 dự án), Nam Định (01 dự án) và Bến Tre (01 dự án). Trong đó, chỉ có 02 dự án của tỉnh Thừa Thiên Huế cơ bản hoàn thành, 09/11 dự án đang tiếp tục triển khai. Giai đoạn từ 2016 đến nay, Ngân sách Trung ương mới hỗ trợ thêm 02 dự án tại Bắc Giang (01 dự án) và Bình Định (01 dự án).
Tuy nhiên, trên thực tế, một số dự án đầu tư không hiệu quả, một số hạng mục công trình BVMT (trạm xử lý nước thải tập trung...) đã xuống cấp, hư hỏng, chi phí vận hành xử lý nước thải lớn trong khi chưa có cơ chế, chính sách hỗ trợ cụ thể (như dự án từ nguồn khoa học công nghệ tại làng nghề giết mổ trâu bò Phúc Lâm; dự án tại làng nghề sơn mài Hạ Thái...), một số làng nghề đã xây dựng hệ thống XLNTTT song khó khăn trong việc triển khai đấu nối và huy động vốn đối ứng của người dân (làng nghề nấu rượu làng Vân, làng nghề chế biến cá khô Bình Thắng...). Nhiều làng nghề chưa có dự án hoặc đã có dự án nhưng còn chậm triển khai thực hiện do thiếu kinh phí (làng nghề đúc đồng Đại Bái; làng nghề đúc đồng Quảng Bố, làng nghề dệt nhuộm Nha Xá, làng nghề bún bánh Yên Ninh...) cũng như khó khăn trong việc giải phóng mặt bằng, thiếu quỹ đất để xây dựng cụm công nghiệp làng nghề (làng nghề tái chế nhôm Mẫn Xá; làng nghề bún Phú Đô...); tại nhiều làng nghề chưa có cơ chế, chính sách hỗ trợ các cơ sở sản xuất di dời ra khỏi khu dân cư hoặc một số cơ sơ sản xuất đã di dời vào cụm công nghiệp, tuy nhiên một số vẫn tập trung tại các khu vực trong làng nghề (như làng nghề dệt Phương La, tỉnh Thái Bình; làng nghề dệt nhuộm Nha Xá, Hà Nam...) gây nên nguy cơ tái ô nhiễm rất cao nếu không kiểm soát chặt chẽ các cơ sở hình thành mới...
Nhưng tồn tại, hạn chế và khó khăn vướng mắc
Thứ nhất là do nhận thức và ý thức trách nhiệm dẫn đến sự vào cuộc của cấp uỷ, chính quyền, người dân trong công tác BVMT tại nhiều nơi còn hạn chế. Bên cạnh nhiều địa phương rất nỗ lực (như các tỉnh Nam Định, Thái Bình, Hà Nam, Hưng Yên, Nghệ An, Hà Tĩnh, Phú Yên, Vĩnh Long, Trà Vinh, Hậu Giang…) thì còn nhiều địa phương lơ là, thiếu quan tâm (như thành phố Hải Phòng là địa phương có nguồn lực và điều kiện thuận lợi, song đến nay là địa phương duy nhất của vùng ĐBSH chưa có đơn vị cấp huyện được công nhận đạt chuẩn/hoàn thành nhiệm vụ xây dựng nông thôn mới, mới có 64,03% số xã đạt chuẩn).
Thứ hai là còn lúng túng trong phương thực triển khai thực hiện, cần xác định xây dựng cảnh quan môi trường nông thôn, giữ gìn vệ sinh phải do chủ thể là người dân, lấy dân làm nòng cốt, công tác BVMT phải xuất phát từ cộng đồng dân cư, chính quyền chỉ tạo động lực và chỉ ra cách làm, hỗ trợ người dân thực hiện, ở đâu chính quyền làm thay thì phong trào sẽ sớm bị đi xuống.
Thứ ba là thiếu nguồn vốn, đặc biệt là nguồn vốn đầu tư cho hạ tầng cơ bản về BVMT (như hoàn thiện hệ thống thoát nước, đầu tư hệ thống xử lý nước thải cụm dân cư nông thôn, đầu tư hạ tầng BVMT cho các làng nghề, CCN, công trình xử lý CTR tập trung….).
Thứ tư là lúng túng về công nghệ (công nghệ xử lý CTR sinh hoạt nông thôn; xử lý nước thải cụm dân cư, hộ gia đình; xử lý nước thải làng nghề và cụm công nghiệp...) dẫn đến lãng phí về đầu tư nguồn lực (ví dụ, trạm xử lý nước thải tại cụm công ghiệp làng nghề xã Tân Triều, huyện Thanh Trì, TP. Hà Nội đã xây dựng xong từ năm 2008 nhưng chưa một lần được vận hành; công trình xử lý nước thải công suất 400m3/ngày, đêm đã xây dựng từ năm 2010 tại làng nghề bún Khắc Niệm, Bắc Ninh hoạt động nhưng gần như không có hiệu quả..).
Thứ năm là phương thức quản lý vận hành các công trình hạ tầng về bảo vệ môi trường, phương thức thu gom, xử lý chất thải rắn sinh hoạt, bao bì thuốc bảo vệ thực vật, chất thải chăn nuôi….. Thực tế chứng minh là các công trình BVMT do nhà nước đầu tư và vận hành đã bộc lộ nhiều yếu điểm, dẫn đến hiệu quả sau đầu tư thấp, lãng phí nguồn lực. Bên cạnh đó, cơ chế nhà nước đầu tư, doanh nghiệp vận hành còn rất vướng mắc, bất cập, hạn chế hiệu quả đầu tư từ các nguồn lực xây dựng nông thôn mới, cần thiết phải ban hành những cơ chế chính sách thu hút khối doanh nghiệp tư nhân tham gia đầu tư và vận hành công trình hạ tầng BVMT (bằng việc ban hành cơ chế giá dịch vụ BVMT và thực hiện công khai, minh bạch)..
Thứ sáu là nguyên tắc “người gây ô nhiễm phải có nghĩa vụ và trách nhiệm đối với việc xử lý ô nhiễm” áp dụng cho công tác BVMT nông thôn còn rất hạn chế, người dân, hộ sản xuất kinh doanh dịch vụ, các hoạt động phát triển kinh tế xã hội khu vực nông thôn vẫn chủ yếu dựa vào ngân sách nhà nước để xử lý ô nhiễm, xử lý các nguồn thải do đối tượng này phát sinh ra (mặc dù các hoạt động này hầu như không đóng góp nguồn thu vào ngân sách). Gây mất cần bằng thu - chi cho hoạt động bảo vệ môi trường nông thôn.